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这个 R 包折腾了一天终于安装上了

事情起因于在推特看到关于ggVennDiagram这个 R 包教程的一条推文，想着去复现一下，于是开始去安装，不料安装过程中出现了sf这个依赖包始终安装不成功的一堆错误，于是有了这一篇文章，特此记录一下，也希望给遇到类似问题的小伙伴一个参考。

第一个错误

首先说明一下，我用的 R 版本是 4.3.0，Linux 系统是 Red Hat 6.5。 最开始安装sf这个 R 包遇到的第一个 error 是 GDAL/GEOS/Proj.4 版本不符合要求的提示。 image.png 于是，开始手动去安装 GDAL/GEOS/Proj.4，之所以选择基于普通用户手动去源码编译安装，主要一个原因是系统版本太老，第二出于安全考虑避免 root 带来的一系列麻烦。

一番折腾，把 gdal-2.2.3+geos-3.4.0+proj-4.9.1 都装好了，设置完 PATH+LD_LIBRARY_PATH 后，却悲催的出现类似这个的报错：https://github.com/r-spatial/sf/issues/678 —— 这是sf包的一个错误！

于是，问题变成了如何成功去安装sf包，或者说如何解决sf的 proj_conf_test.c:4:28: error: expected ‘)’ before ‘const’ 安装错误。

sf 包依赖与解决

在sf包的 https://github.com/r-spatial/sf#linux 中明确提到了这个包需要依赖 GDAL/GEOS/Proj.4，具体版本要求如下。

📢 For Unix-alikes, GDAL (>= 2.0.1), GEOS (>= 3.4.0) and Proj.4 (>= 4.8.0) are required.

后来经过一番的折腾尝试，才发现：

  1. gdal-2.2.3+geos-3.4.0+proj-4.9.1 出现类似这个的报错 —— proj_conf_test.c:4:28: error: expected ‘)’ before ‘const’！
  2. gdal-2.2.0+geos-3.4.0+proj-4.8.0 的组合可以解决以上遇到的问题！
  3. 手动源码安装的话，Proj.4 要先于 GDAL 安装，因为 GDAL 安装的时候需要指定 Proj.4 进行编译。

GEOS

  1. 要求 GEOS version >= 3.4.0；
export PATH=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/gcc-4.8.5/bin:$PATH
wget https://download.osgeo.org/geos/geos-3.4.0.tar.bz2
tar xvjf geos-3.4.0.tar.bz2 -C ../build/
cd ../build/geos-3.4.0
./configure --prefix=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/geos-3.4.0
make -j4 && make install

Proj.4

  1. 要求 Proj.4 (>= 4.8.0) ；
  2. Proj.4 要先于 GDAL 安装！
export PATH=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/gcc-4.8.5/bin:$PATH
wget https://download.osgeo.org/proj/proj-4.8.0.tar.gz
tar zvxf proj-4.8.0.tar.gz -C ../build/
cd ../build/proj-4.8.0/
./configure --prefix=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/proj-4.8.0
make -j4 && make install

GDAL

  1. 要求 GDAL version >= 2.0.1；记住一定要加 –with-static-proj4 进行编译，否则 https://github.com/r-spatial/sf/issues/678 这个问题没法解决！！
  2. 尝试了一下 gdal-2.2.3+proj-4.9.1 组合，好像有问题（configure: error: GDALAllRegister not found in libgdal）；

image.png

  1. 但是 GDAL-2.2.0+proj-4.8.0 是可以的！
$enabledevtoolset4
wget http://download.osgeo.org/gdal/2.2.0/gdal-2.2.0.tar.gz
tar zvxf gdal-2.2.0.tar.gz -C ../build/
cd ../build/gdal-2.2.0
./configure --prefix=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/gdal-2.2.0 --with-static-proj4=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/proj-4.8.0/
make -j4 && make install

最终安装命令

export PATH=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/gdal-2.2.0/bin:/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/geos-3.4.0/bin:/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/proj-4.8.0/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/gdal-2.2.0/lib:/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/geos-3.4.0/lib:/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/proj-4.8.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH

出现 configure: error: libproj not found in standard or given locations. 异常，参考：https://github.com/r-spatial/sf/issues/1471 得到解决：

# configure: error: libproj not found in standard or given locations.
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
install.packages('sf', configure.args='--with-gdal-config=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/gdal-2.2.0/bin/gdal-config --with-geos-config=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/geos-3.4.0/bin/geos-config --with-proj-include=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/proj-4.8.0/include --with-proj-lib=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/proj-4.8.0/lib', configure.vars='GDAL_DATA=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/gdal-2.2.0/share/gdal')

使用说明

安装完sf和ggVennDiagram 后，如果要使用这两个包，则需要：

export LD_LIBRARY_PATH=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/gdal-2.2.0/lib:/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/geos-3.4.0/lib:/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/proj-4.8.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH

image.png