RepeatModeler 安装及使用
1. 安装依赖¶
RepeatModeler 安装之前需要安装以下软件：
- perl （Unix system with perl 5.8.0 or higher installed）
- RECON - De Novo Repeat Finder; 鉴定重复家族
- RepeatScout - De Novo Repeat Finder; 从基因组中鉴定重复序家族序列
- TRF - Tandem Repeat Finder
- RMBlast - A modified version of NCBI Blast for use with RepeatMasker and RepeatModeler. 或者 ABBlast - Sequence Search Engine 任一一款搜索引擎
- RepeatMasker & Libraries
各个软件详细安装方法如下。
1.1 RECON¶
#下载后
tar -zxf RECON-1.08.tar.gz
cd RECON-1.08/src
make
make install
#给recon.pl脚本中添加路径，第三行
$path = "*/RECON-1.08/bin"
1.2 RepeatScout¶
#下载后
tar -zxf RepeatScout-1.0.6.tar.gz
cd RepeatScout-1.0.6
make
##会生成build_lmer_table， RepeatScout-###两个程序
1.3 TRF¶
选择 Linux command line 64-bit ，下载后，直接使用，不需要解压缩。Release
$ wget https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF/releases/download/v4.09.1/trf409.linux64 -O trf
$ chmod a+x trf
1.4 RMBlast¶
# 下载
wget http://www.repeatmasker.org/rmblast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz
#下载后，直接解压即可
tar zvxf rmblast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz
2. 安装¶
2.1 RepeatMasker 安装¶
事先必须安装 TRF，RMblast。
#下载后
tar -zxf RepeatMasker-4.1.0.tar.gz
cd RepeatMasker
chmod -R 755 *
./configure. 执行后一步一步来，输入需要的路径
#首先是perl环境，默认自动检测，或者手动更改perl主程序路径后回车继续
#然后是TRF， 输入包含TRF的路径
#序列搜索引擎，刚才安装了RMblast，先选择RMblast，然后回车，然后选择5 done
#提示 完成安装，将RepeatMasker设置到环境变量即可
2.2 RepeatModeler 安装¶
#下载后
tar. -zxf RepeatModeler-2.0.1.tar.gz
cd RepeatModeler-2.0.1
chmod -R 755 *
perl ./configure 根据提示，一步一步来，和上面repeatmasker类似