使用 wget/curl 下载 GitHub Release 生信软件包
我们在 Linux 服务器上安装软件，有时候需要在服务器下载 GitHub 上 Release 的一些资源(软件包)，这时候我们可以使用 wget 或者 curl 进行处理，这里拿 htslib 开源的配置中心 HTSlib 为例，下载他的 Release 版本。
wget¶
wget --no-check-certificate --content-disposition https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.15.1/htslib-1.15.1.tar.bz2
wget 使用注意点，详细说说每个参数的含义，用法，并举例。
#https://blog.csdn.net/xiliunian/article/details/104313511
nohup wget -c --no-check-certificate --no-proxy https://figshare.com/ndownloader/files/30835246 &
nohup wget -c https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/pfigshare-u-files/30835246/ILD_alldataset_population_noSCT.rds?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKIAIYCSROOA/20230224/eu-west-1/s3/aws4_request&X-Amz-Date=20230224T170124Z&X-Amz-Expires=10&X-Amz-SignedHeaders=host&X-Amz-Signature=102d79611095e5cba52b2903044c2ba341c26 &
nohup wget -c --no-check-certificate --user-agent="Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/58.0.3029.110 Safari/537.3" https://figshare.com/ndownloader/files/30835246 &
nohup wget -c --no-check-certificate --user-agent="Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/58.0.3029.110 Safari/537.3" https://figshare.com/ndownloader/files/30836776 &
nohup curl https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/pfigshare-u-files/30835246/ILD_alldataset_population_noSCT.rds?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AV5JSSROOA/20230224/eu-west-1/s3/aws4_request&X-Amz-Date=20230224T170124Z&X-Amz-Expires=10&X-Amz-SignedHeaders=host&X-Amz-Signature=102fxxxxxxc2ba341c26 &
nohup curl -C https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/pfigshare-u-files/30835246/ILD_alldataset_population_noSCT.rds?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKI5JSSROOA/20230224/eu-west-1/s3/aws4_request&X-Amz-Date=20230224T170820Z&X-Amz-Expires=10&X-Amz-SignedHeaders=host&X-Amz-Signature=f786583xxxxxxxxxx2079467dac31498c8 &
nohup curl -C https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/pfigshare-u-files/30835246/ILD_alldataset_population_noSCT.rds?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKIAxxxxxJSSROOA/20230224/eu-west-1/s3/aws4_request&X-Amz-Date=20230224T184948Z&X-Amz-Expires=10&X-Amz-SignedHeaders=host&X-Amz-Signature=64sxxxxxxxx5120c937d4f7def &
- -r, –recursive 这个选项用于递归地下载整个网站或目录。例如：’,’wget -r http://www.example.com/ 这个命令将下载 www.example.com 网站的所有内容，包括子目录和链接。
- -nH, –no-host-directories 这个选项用于在下载时不创建目标文件夹的主机名目录。例如： wget -nH http://www.example.com/files/file.txt 这个命令将在当前目录下创建一个名为 file.txt 的文件，而不是在 www.example.com/files/ 目录下创建。
- -N, –timestamping 这个选项用于只下载更新过的文件。例如： wget -N http://www.example.com/files/file.txt 如果 file.txt 本地已经存在并且与远程文件的时间戳相同，那么 wget 将不会下载文件。如果本地文件的时间戳比远程文件的时间戳早，那么 wget 将下载文件。
- -nd, –no-directories 这个选项用于在下载时不创建目标文件夹。例如： wget -nd http://www.example.com/files/file.txt 这个命令将在当前目录下创建一个名为 file.txt 的文件，而不是在 www.example.com/files/ 目录下创建。
- -P, –directory-prefix 这个选项用于指定要将文件下载到的目录。例如： wget -P /home/user/downloads/ http://www.example.com/files/file.txt 这个命令将在 /home/user/downloads/ 目录下创建一个名为 file.txt 的文件。
- -c, –continue 这个选项用于在中断的地方继续下载文件。例如： wget -c http://www.example.com/files/file.txt 如果文件下载已经开始，但由于某种原因中断了，那么 wget 将在中断的地方继续下载文件。
- -O, –output-document 这个选项用于将下载的文件保存为指定的文件名。例如： wget -O newfile.txt http://www.example.com/files/file.txt 这个命令将下载文件 file.txt 并将其保存为名为 newfile.txt 的文件。
- -q, –quiet 这个选项用于静默下载，不输出下载进度信息。例如： wget -q http://www.example.com/files/file.txt 这个命令将在后台下载文件 file.txt。
- -t, –tries 这个选项用于指定在下载过程中尝试重新连接的次数。例如： wget -t 5 http://www.example.com/files/file.txt 这个命令将在下载过程中尝试重新连接 5 次。
- -b, –background 这个选项用于在后台下载文件。
curl¶
curl -LjO https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.15.1/htslib-1.15.1.tar.bz2
- -L, –location
Follow redirects，如果服务器报告请求的页面已移动到不同的位置（用 Location: 标头和 3XX 响应代码指示），此选项将使 curl 在新位置重做请求，即重定向。)
- -O, –remote-name
Write output to a file named as the remote file，把输出写到该文件中，保留远程文件的文件名。
- -j, –junk-session-cookies
Ignore session cookies read from file