CentOS 6/7 安装 codon-optimizer 笔记

操作系统为 Red Hat Enterprise 6.5 x86_64。

注意：

$ export LDFLAGS="-L/Bioinfo/APPS/boost_1.55/lib"
$ export CPPFLAGS="-I/Bioinfo/APPS/boost_1.55/include"
$ export C_INCLUDE_PATH="/Bioinfo/APPS/boost_1.55/include"
# export BOOST_ROOT="/Bioinfo/APPS/boost_1.55/include/boost"
# 如果设置了 BOOST_ROOT，会导致 error: cannot find Boost headers version >= 1.48.0 异常
$ unset BOOST_ROOT，会导致

执行安装：

$ wget http://www.cs.ubc.ca/labs/beta/Projects/codon-optimizer/downloads/codon-optimizer-0.1.tar.gz
$ tar zvxf codon-optimizer-0.1.tar.gz
$ cd codon-optimizer-0.1
$ ./configure --prefix=/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/codon-optimizer-0.1
$ make
$make install

简单总结：

  1. codon-optimizer-0.1 的安装需要 boost，CentOS 6 自带的 bootst-1.41.0-18.el6.x86_64。
  2. CentOS 6 貌似没有 1.41.0 以上的 boost rpm 包，只有 boost148-xxx.rpm、boost169-xxx.rpm 之类。
  3. 源码安装 boost 请参考：CentOS 安装 boost 库。